澎湖縣水產種苗繁殖場初期是以水產種苗繁殖、培育與推廣為主要任務，後開始重視地方經濟性物種與瀕危物種的繁殖培育。近年運用場內豐富的生物資源、豐厚的生態保育，以及專業人員等厚實的基礎，著手發展珊瑚礁復育，並推動珊瑚礁保育、各類海洋生物資源的種苗培育等工作，並進而開展出以「海洋生態復育與保育」為精神的環境教育推廣工作與相關課程活動，積極鼓勵縣民與訪客重視海洋生態多樣性的保護工作。